Η ένωση ιδρύθηκε το έτος 1954 με την επωνυμία Ένωση Ποδοσφαιρικών Σωματείων Κεντρικής-Δυτικής Μακεδονίας και συμπεριελάμβανε ερασιτεχνικές ομάδες από τους νομούς Ημαθίας-Πέλλας και Πιερίας με έδρα την πόλη της Βέροιας.

Το πρώτο Διοικητικό Συμβούλιο της ένωσης απαρτιζόταν από του κ.κ.
Δεληδημητρίου Αντώνιος (Πρόεδρος)
Μήτσιος Χρήστος (Αντιπρόεδρος)
Λελεκάκης Γεώργιος (Γενικός Γραμματέας)
Καζαντζίδης θεόδωρος (Σύμβουλος)
Κλώνος Ξενοφών (Σύμβουλος)
Γοτουχίδης Συμεών (Σύμβουλος)
Κούζας Αθανάσιος (Σύμβουλος)

Με την πάροδο των χρόνων και αφού προηγουμένως αποχώρησαν πρώτα οι ομάδες του Ν. Πέλλας, οι οποίες ίδρυσαν την Ε.Π.Σ. Πέλλας, το έτος 1979 αποχώρησαν και οι ομάδες του Ν. Πιερίας, οι οποίες ίδρυσαν την Ε.Π.Σ. Πιερίας και έτσι η ένωση μετονομάσθηκε σε Ε.Π.Σ. Κεντρικής Μακεδονίας και περιελάμβανε αποκλειστικά ομάδες από τον Νομό Ημαθίας.

Το έτος 1995 η Γενική Συνέλευση των σωματείων αποφάσισε την μετονομασία της Ένωσης σε Ε.Π.Σ. Ημαθίας (Ε.Π.Σ.Η), ονομασία που ισχύει μέχρι και σήμερα.
Η Ε.Π.Σ.Η διαθέτει σήμερα ιδιόκτητα γραφεία, τα οποία βρίσκονται στην Βέροια επί της οδού Μητροπόλεως & Θεμιστοκλέους 13 και στην δύναμή της ανήκουν περίπου 75 ενεργά σωματεία, εκ των οποίων τα πιο ιστορικά είναι η ΠΑΕ ΒΕΡΟΙΑ με πολλές συμμετοχές στην Α & ΒΕθνική κατηγορία, ο ΦΑΣ ΝΑΟΥΣΑ, η ΑΕ ΑΛΕΞΑΝΔΡΕΙΑΣ, η ΑΕ ΠΟΝΤΙΩΝ ΒΕΡΟΙΑΣ με πολλές παρουσίες στα Εθνικά πρωταθλήματα Α, Β & Γ Εθνικής κατηγορίας. Επίσης υπάρχουν και άλλα γνωστά σωματεία με συμμετοχή σε μικρότερες κατηγορίες (Δ” Εθνική κατηγορία, περιφερειακά πρωταθλήματα).

Το αθλητικό κέντρο της Ε.Π.Σ.Η βρίσκεται στον Δήμο Βεργίνας, στο Δ.Δ. Παλατιτσίων και περιλαμβάνει ένα κεντρικό γήπεδο 11?11 με τεχνητό χλοοτάπητα 4ης γενιάς.